Organizační struktura a personální zajištění Institutu jsou založeny na následujícím principu

Vedoucí Institutu formuluje v diskusi s vedením Pedagogické fakulty MU (směrem nahoru) a s vedoucími výzkumných projektů a výzkumných skupin (směrem dolů) výzkumný program Institutu. Vedoucí provádí supervizi aktivit výzkumných projektů a výzkumných skupin a připravovaných publikačních a dalších výstupů.

Vedoucí, popř. koordinátoři výzkumných projektů a skupin rozpracovávají výzkumný program v jim svěřené tematické oblasti (např. kurikulum, vyučování a učení, učitelská profesionalizace), připravují nové projektové žádosti tak, aby korespondovaly s výzkumným programem Institutu. V rámci daném výzkumným programem jsou vedoucí výzkumných projektů/skupin autonomními badateli, mluvčími řešených projektů/skupin a zpravidla také hlavními autory publikačních či jiných výstupů.

Členové výzkumných projektů/skupin pracují pod vedením vedoucího projektu/skupiny na úkolech vymezených projektem. Jsou spoluautory výstupů z řešení projektů. Zpravidla se jedná o pracovníky či doktorandy Pedagogické fakulty MU, popř. i o externí spolupracovníky.

Tři generace výzkumníků

Na práci Institutu se za dobu jeho působení podílelo 27 akademických a projektových pracovníků. Z toho 13 kolegů pro Institut pracovalo alespoň tři roky celým nebo téměř celým úvazkem (0,7–1,0). Institut má tendenci přizvávat kolegy z jiných kateder fakulty ke spolupráci v rámci výzkumných projektů, což souvisí s ambicí Institutu „působit dovnitř fakulty“ a nabízet kolegům v rámci možností příležitosti ve výzkumu.